Das Qualitätsmanagementsystem von Wendepunkt ist seit 1999 nach ISO 9001 zertifiziert.
Sie wird durch interne Fachpersonen laufend überprüft und weiterentwickelt, um den hohen Qualitätsstandard sicherzustellen. Ende 2002 wurde auch die Bildung nach eduQua-Kriterien und die geschützten Werkstätten sowie der Wohnbereich nach der BSV-IV Norm 2000 zertifiziert.